USIM telah pun menerima penganugerahan pensijilan MS ISO 9001:2008 daripada SIRIM QAS International Sdn. Bhd. sejak tahun 2004 dalam skop Penyediaan Perkhidmatan Pendidikan di Peringkat Sarjana Muda yang turut meliputi Pembangunan dan Rekabentuk Kurikulum. Skop pensijilan tersebut yang merangkumi pelaksanaan Prosedur-prosedur Khusus (PK) di bawah BPA adalah seperti berikut:
- USIM/PK/02 – Penyediaan e-Panduan Fakulti
- USIM/PK/03 – Pemilihan Calon dan Tawaran Kemasukan
- USIM/PK/04 – Pendaftaran Kemasukan Pelajar
- USIM/PK/06 – Pendaftaran dan Pengesahan Kursus Pelajar
- USIM/PK/07 – Penjadualan dan Pelaksanaan Kursus
- USIM/PK/08 – Peperiksaan Akhir Semester
- USIM/PK/09 – Penggredan, Pemarkahan dan Pengeluaran Keputusan Peperiksaan
- USIM/PK/11 – Penyediaan Transkrip Rasmi dan Skrol Ijazah
- USIM/PK/12 – Kawalan Terhadap Pelajar yang Tidak Memenuhi Spesifikasi Pengajian
- USIM/PK/14 – Penilaian Kursus dan Pengajaran
